各種授賞
| 名 称 | 授賞対象者 |
| 日本微生物資源学会賞 | 微生物及びこれに準ずる培養生物の系統保存及び関連分野の学術の進歩に寄与し，当該年度の4月1日に満40才以上である本会正会員 |
| 日本微生物資源学会奨励賞 | 微生物及びこれに準ずる培養生物の系統保存及び関連分野の学術の進歩に寄与し，当該年度の4月1日に満40才未満である本会正会員 |
| 日本微生物資源学会技術賞 | 微生物及びこれに準ずる培養生物の系統保存技術および管理に寄与した本会正会員 |
受賞者一覧
| 日本微生物資源学会賞 |
| 受賞年度 | 氏 名 | 受賞タイトル |
| 2001（平成13） | 岡田 早苗 | 醸造及び発酵食品の有用乳酸菌と酵母の分離および分類学的研究とそのコレクションの確立 |
| 2003（平成15） | 辨野 義己 | ヒト及び動物の腸管由来偏姓嫌気性細菌の分類および生態に関する研究 |
| 2004（平成16） | 菅原 秀明 | バタフライ効果に関する研究 |
| 2007（平成19） | 渡邉 信 | シアノバクテリアの分類学的研究と日本の微生物系統保存事業の基盤構築 |
| 2008（平成20） | 江崎 孝行 | 病原細菌の分類学的研究とカルチャーコレクションの整備 |
| 2009（平成21） | 鈴木 健一朗 | 新しい微生物資源保存機関の創設とアクチノバクテリアの分類に於ける先駆的研究 |
| 2010（平成22） | 伊藤 隆 | アーキア及び関連細菌のコレクション事業とリソース開発 |
| 2012（平成24） | 安藤 勝彦 | 菌類の分類学的研究並びに海外微生物資源の探索とその基盤整備 |
| 2013（平成25） | 佐藤 豊三 | 植物病原菌類の分類学的研究および微生物遺伝資源の利用に向けた基盤構築 |
| 2014（平成26） | 中桐 昭 | 菌類の保存法の開発並びに分類学的研究とそれらの系統保存事業へ貢献 |
| 2016（平成28） | 高島 昌子 | 酵母の多様性および分類学的研究とそれに基づくゲノム情報の整備 |
| 2017（平成29） | 河地 正伸 | 微細藻類の系統分類研究に基づくデータベース構築および研究基盤の高度化 |
| 2018（平成30） | 矢口 貴志 | 病原真菌の分類学的研究と臨床菌株コレクションの充実 |
| 2023（令和5） | 川﨑 浩子 | 微生物分類学を基盤とした微生物資源センターの国際ネットワーク構築と標準化 |
| 2024（令和6） | 大熊 盛也 | 微生物資源の基盤整備と利活用に向けた基礎研究 |
| 日本微生物資源学会奨励賞 |
| 受賞年度 | 氏 名 | 受賞タイトル |
| 1998（平成10） | 野崎 久義 | 微細藻類の形態とDNA塩基配列データに基づく系統分類学的研究 |
| 1999（平成11） | 金子 嘉信 | Saccharomyces sensu stricto 酵母の分類における遺伝学的考察 |
| 2000（平成12） | 高島 昌子 | 担子菌系酵母の分類学的研究 |
| 2004（平成16） | 中川 恭好 | Cytophaga 類縁細菌群の分類学的研究 |
| P. Lisdiyanti | 東南アジア産酢酸菌の分類とその多様性に関する研究 | |
| 2006（平成18） | 後藤 慶一 | 好気性芽胞形成細菌の分類と同定に関する研究 |
| 2008（平成20） | 坂本 光央 | 嫌気性グラム陰性桿菌の分類学的研究 |
| 2011（平成23） | 尹 載宇 | Taxonomic studies on the bacterial phylum Verrucomicrobia |
| 2012（平成24） | 飯野 隆夫 | 温泉、海洋環境からの難培養性新規微生物の探索とその資源化に関する研究 |
| 矢部 修平 | 好熱性細菌の分離と系統分類およびゲノム解析 | |
| 2014（平成26） | 村松 由貴 | Phylum Bacteroidetesと酢酸菌に関する分類学的研究 |
| 2015（平成27） | 仲田 崇志 | 微細緑藻類の系統分類研究および命名規約の解説を通じた微生物系統保存事業への貢献 |
| 2016（平成28） | 伴 さやか | 昆虫病原性糸状菌Ophiocordycepitaceaeの分類学的再編 |
| 2017（平成29） | 埋橋 志穂美 | 卵菌類、特にPythium属菌の分子系統解析に基づく分類研究と安定的長期保存方法の開発 |
| 2018（平成30） | 浜田 盛之 | 非菌糸状放線菌の選択分離法の構築と分類学的研究 |
| 2021（令和3） | 遠藤 力也 | 新規酵母類リソースの開発と品質管理を通じた微生物リソースの高付加価値化 |
| 2023（令和5） | 鈴木 重勝 | 藻類の多様性研究とゲノム解析に基づく、進化・生理・生態・環境分野への貢献 |
| 日本微生物資源学会技術賞 |
| 受賞年度 | 氏 名 | 受賞タイトル |
| 1997（平成9） | 坂根 健 | 微生物保存におけるL-乾燥保存法の開発 |
| 2001（平成13） | 見方 洪三郎 | 酵母の系統保存法に関する技術開発 |
| 2003（平成15） | 伊藤 忠義 | 真菌類培養株の収集・分類および長期保存方法ならびに分譲方法の開発 |
| 2005（平成17） | 恵良田 眞由美 | 微細藻類の系統保存の管理システムの構築と運用 |
| 2006（平成18） | 余 明順 | 病原微生物の系統保存・安全管理ならびにその安全な取り扱い普及 |
| 2019（平成31） | 森 史 | NIESコレクションにおける微細藻類の凍結保存法による保存体制の確立 |
| 2020（令和2） | 山﨑 福容 | 微生物資源に関する情報システムの高度化 |
| 2021（令和3） | 永井 利郎 | 長年にわたるカルチャーコレクション事業の高度化と学会への貢献 |
| 押田 祐美 | 理研BRC-JCMにおける好気性細菌のリソース整備 | |
| 2024（令和6） | 佐藤 真則 | 難保存性担子菌、動物細胞および藻類培養株の長期保存法と管理技術の開発と普及 |