歴代学会長
| 1994～1997年 | 中瀬 崇 | 理化学研究所 | |
| 1998～2001年 | 渡邉 信 | 国立環境研究所 | |
| 2002～2004年 | 西村 和子 | 千葉大学 | |
| 2005～2008年 | 辨野 義己 | 理化学研究所 | |
| 2009～2012年 | 鈴木 健一朗 | 製品評価技術基盤機構 | |
| 2013～2016年 | 江崎 孝行 | 岐阜大学 | |
| 2017～2018年 | 中桐 昭 | 鳥取大学 | |
| 2019～2022年 | 大熊 盛也 | 理化学研究所 | |
| 2023年〜 | 矢口 貴志 | 千葉大学 |
日本微生物資源学会名誉会員（2026年5月現在）
ここに、現在の名誉会員名簿を掲載します（五十音順 敬称略）
| 江崎 孝行 | |
| 菅原 秀明 | |
| 鈴木 健一朗 | |
| 西村 和子 | |
| 辨野 義己 | |
| 山口 英世 | |
| 山里 一英 | |
| 渡邉 信 |
御逝去された名誉会員のお名前を掲載します。
| 飯島 貞二 | |
| 岡見 吉郎 | |
| 金子 太吉 | |
| 後藤 昭二 | |
| 駒形 和男 | |
| 坂口 謹一郎 | |
| 椿 啓介 | |
| 中瀬 崇 | |
| 長谷川 武治 | |
| 三輪谷 俊夫 |
